Pro 2. stupeň základních škol se mimořádným opatřením Ministerstva zdravotnictví zavádí povinnost nošení ochrany dýchacích cest pro všechny žáky a pracovníky školy nebo školského zařízení ve všech vnitřních prostorech školy nebo školského zařízení, tedy včetně učeben. Ochrana dýchacích cest u žáků a pedagogických pracovníků není vyžadována pro vzdělávací aktivity, jejichž charakter neumožňuje nošení ochranného prostředku (např. tělocvik, zpěv, hra na dechové nástroje).
Pro 1. stupeň základních škol se režim nemění. V rámci výuky v učebnách se ochrana dýchacích cest nevyžaduje. Ochrana dýchacích cest není vyžadována ani během přestávek při pobytu žáků v učebně. Žáci i všichni pracovníci školy musí nosit ochranu dýchacích cest ve společných prostorách školy (např. chodby a záchody).